Com origem em 1968, a Estação Ecológica de Águas Emendadas (ESECAE) é uma das mais importantes do Distrito Federal.
Nela, ocorre o fenômeno único da união de duas grandes bacias da América Latina: a Tocantins/Araguaia e a Platina, em uma Vereda de 6 km de extensão.
Com área equivalente a 10.547 hectares, é destinada à proteção do ambiente natural, realização de pesquisas básicas e aplicada em ecologia e à educação conservacionista.
Em 1992, foi declarada pela Unesco área nuclear da Reserva da Biosfera do Cerrado.
A estação ecológica engloba também a Lagoa Bonita, nascente do ribeirão Mestre D’Armas.
A área do local, praticamente intacta, abriga fauna ameaçada de extinção, como a anta, a suçuarana, o tamanduá, e o lobo-guará.
Com visitação controlada, a estação está sob responsabilidade do Instituto Brasília Ambiental (Ibram), do Governo do Distrito Federal.
A unidade foi criada originalmente como uma reserva biológica quando ainda não contava com a região da Lagoa Bonita, sendo incorporada posteriormente e transformada em estação ecológica apenas em 1988.